Las canteras en desuso fueron elegidas para recibir los restos; la ciudad de París acababa de completar una inspección general de las canteras para fortalecer las carreteras públicas socavadas por ellas. Los trabajos de construcción se realizaron en la cantera «Tombe-Issoire», utilizando grandes cantidades de piedra, fortaleciendo las galerías y completando mediante la excavación de una escalera, flanqueada por un pozo en el que se podían arrojar los huesos.
La transferencia de los restos pudo comenzar después de la bendición y consagración del sitio el 7 de abril de 1786, y continuó hasta 1788, siempre al anochecer y luego de una ceremonia en la que una procesión de sacerdotes en sobrepelliz cantaba el servicio de los muertos por la ruta por los carros cargados con huesos, que estaban cubiertos por un velo negro. Luego, hasta 1814, el sitio recibió los restos de todos los cementerios de París.
Hubo otras razones que llevaron a la elección de excavaciones subterráneas. En los cristianos, el sentido de comunidad se vivió con gran fuerza: también querían estar juntos en el «sueño de la muerte«.
Según la ley romana, estaba prohibido el entierro del difunto dentro de los muros de la ciudad, todas las catacumbas estaban ubicadas a lo largo de las grandes carreteras consulares y, en general, en los suburbios de la época.
Las Catacumbas de París se reabrieron el 14 de junio de 2005, después de varios meses de cierre para la construcción. Se ha ajustado la iluminación, se han reforzado las bóvedas y se han vuelto a colocar las paredes de los huesos.
