El desfragmentador del disco para encargase de este problema, copia en la memoria los fragmentos dispersos de un archivo y posteriormente les busca un lugar libre a fin de agruparlos.
Si los datos del disco están fragmentados, la cabeza lectora de un disco rígido o de una unidad de disquete debe recorrer gran parte de la superficie del disco para completar la lectura de un archivo. De esta manera, el trabajo resulta excesivamente lento. La información está dispersa, y el sistema pierde mucho tiempo buscando todos los fragmentos que la forman.
En una unidad correctamente fragmentada, en cambio, el sistema puede leer más rápido los datos de un archivo, puesto que estos se encuentran dispuestos de forma contigua, y además se libera algo de espacio en el disco, es por eso lo conveniente de utilizar el desfragmentador.
El uso que se le da a la PC influye notablemente en la frecuencia ideal con la que se debe desfragmentar las unidades de disco. Si se desinstala e instala frecuentemente aplicaciones, se deberá hacerlo al menos una vez al mes. Si se borra, copia o mueve los ficheros del disco, también se necesitará optimizarse a menudo. No obstante, el mismo desfragmentador del disco cuando hace un análisis, nos dice si hace falta o no.
La pantalla del desfragmentador muestra los detalles de las operaciones con ficheros, de manera que el usuario puede comprobar gráficamente el estado del desfragmentación del disco rígido.
Se observan los datos optimizados (clusters que han sido copiados en una nueva ubicación), los datos escritos (clusters que se están escribiendo en el disco), los clusters dañados (clusters que no son recuperables y no se puede acceder a ellos); datos inmovibles (por motivos de seguridad, algunos ficheros no pueden ser movidos); y el espacio sin desfragmentar (estos clusters no han sido copiados en una nueva colocación).