Esta teoría contradice a la teoría de la preformación, la cual enuncia que la evolución de un embrión, representa el crecimiento de un organismo que ya se encontraba preformado. Sin embargo según la epigénesis los órganos que conforman el embrión, se forman de la nada, a través de estímulos derivados del ambiente.
Esta teoría interpreta el mecanismo de sintonización final, por medio del cual cada ser se acopla, de una manera eficiente a su ambiente, partiendo de las capacidades incluidas en su codificación genética. Ya que los genes por lo general, forman parte de una red un tanto complicada de interacciones que mantienen una retroalimentación. Y por lo tanto, no proceden de manera independiente.
A lo largo de la historia siempre se ha manejado un debate que confronta a la teoría epigenética con la preformación. Sin embargo el preformacionismo llega a su fin, el mismo momento en que la tecnología pudo evidenciar el origen epigenetico de los órganos. Cabe agregar que este debate fue uno de los más históricos que se hayan visto, el mismo fue realizado durante el siglo XIX.
Ahora bien, en el campo de la mineralogía, el término epigénesis es empleado para referirse a la modificación de la naturaleza química de un mineral, sin que sea necesario la alteración de su estructura.
