Los problemas de fragmentación pueden ser graves o leves según el sistema operativo con el que se esté interactuando, debido a la forma de organizar los archivos. Windows es el sistema en el que se presenta mucho más seguido; Linux, de igual forma, puede tener algunos inconvenientes, pero a menor escala. Concretamente, esto ocurre porque el sistema coloca partes de archivos en espacios vacíos en donde antes estuvo un archivo; esto ocasiona que un archivo se vaya fragmentando con el paso del tiempo, hasta estar completamente esparcido por el disco duro. Con la desfragmentación, se aumenta el tiempo de vida de un disco duro, y se reduce la capacidad al llevar a cabo operaciones de acceso rápido.
Existen dos tipos de fragmentación, la interna, en la que se pierde espacio en el disco por la existencia de archivos de un tamaño mayor al del clúster, y la externa, causada por los ajustes predeterminados de los bloques de un sistema de ficheros.
