Existen diferencias entre protociencia con respecto a la ciencia y es que precisamente, la protociencia es un aspecto filosófico de la ciencia, es por ello que lo que plantea no ha sido completamente comprobado ni negado, sin embargo, carece de fuerte fundamentos, pruebas empíricas o demostraciones para que posibiliten su transformación como un hecho incuestionable.
En la actualidad existen diversos casos de protociencia, entre los más famosos están: la teoría de cuerdas, ésta señala la existencia de diferentes dimensiones y cumple con el método científico, pero su planteamiento requiere de la existencia de otras realidades que actualmente no se ha podido constatar, es por ello que se mantiene como una protociencia.
Una de las protociencia más famosas es la astrobiología, la cual consta del estudio de posibles formas de vida extraterrestres que no están basadas en el carbono o que se sostienen en elementos distintos a éste, conocidos o no por el ser humano. La particularidad de esto es que se basa en especulaciones teóricas que podrían ser verdad. No se intenta demostrar la existencia de estas formas de vida no conocidas, sino su posibilidad de existir.
La protociencia suele ser con frecuencia muy especulativa, ya que es distinguida de la pseudociencia por su adhesión al método científico y a las numerosas prácticas establecidas de la ciencia. Además, de ser refutada por nuevas evidencias en el caso que aparezcan o suplantada por una teoría más creíble.
Vale acotar que algunas protociencias progresan hasta ser una parte aceptada de la ciencia establecida. Mientras que otras, fallan en su consolidación o se vuelven pseudocientíficas cuando sus seguidores insisten a pesar de carecer de evidencias científicas que sustenten sus puntos de vista.
Thomas Kuhn, fue el filósofo, el primero de ellos que usó esta palabra durante un ensayo, el cual fue publicado por primera vez en 1970. Algunas ciencias comenzaron como ramas de la filosofía, como lo fue las matemáticas, filosofía natural, economía, psicología, sociología y ahora son ciencias individuales comprobadas.
