La FDA fue facultada por el Congreso de los Estados Unidos para hacer cumplir la Ley Federal de Alimentos, Medicamentos y Cosméticos, que sirve como el enfoque principal para el Organismo; La FDA también hace cumplir otras leyes, particularmente la Sección 361 de la Ley de Servicios de Salud Pública y las regulaciones asociadas, muchas de las cuales no están directamente relacionadas con alimentos o drogas. Estos incluyen la regulación de láseres, teléfonos celulares, condones y el control de la enfermedad en productos que van desde ciertas mascotas del hogar a la donación de esperma para la reproducción asistida.
La FDA está dirigida por el Comisionado de Alimentos y Drogas, nombrado por el Presidente con el asesoramiento y el consentimiento del Senado. El Comisionado informa al Secretario de Salud y Servicios Humanos. El Dr. Robert M. Califf, MD, es el comisionado actual, quien asumió el cargo en febrero de 2016 por el Dr. Stephen Ostroff, que había estado actuando desde abril de 2015.
La FDA tiene su sede en White Oak unincorporated, Maryland. La agencia también tiene 223 oficinas de campo y 13 laboratorios localizados en los 50 estados, las Islas Vírgenes de los Estados Unidos y Puerto Rico. En el 2008, la FDA comenzó a enviar empleados a países extranjeros, entre ellos China, India, Costa Rica, Chile, Bélgica y el Reino Unido.
