A menudo se les conoce por sus violentas acciones durante las masacres de septiembre, también conocidas en Francia como le Terreur (el terror), en donde procesaban y condenaban a muerte, son razones aparentes, a ciudadanos franceses ordinarios. Los girondinos, uno de los movimientos políticos también establecidos en la Asamblea, les acusaron de instigar estos actos, lo que desencadenó una serie de enfrentamientos en este lugar. Es importante mencionar que, el nombre de jacobinos vino a raíz de un escrito, bajo la autoría del poeta y escritor francés Alphonse de Lamartine, llamado Histoire des Girondins (Historia de los girondinos), en donde se narraba la historia de sus adversarios, los girondinos; en su época de gobierno, se les conocía como como los montañeros o los montañeses.
El fin de su mandato finaliza cuando Maximilien Robespierre, su principal exponente y precursor, es arrestado junto a Louis Saint-Just, George Couthon y su hermano menor Augustin Robespierre. Se les declaró como “fuera de ley” (hors la loi), y posteriormente se les guillotinó.
