Las diferencias estructurales entre las prostaglandinas explican sus diferentes actividades biológicas. Una prostaglandina dada puede tener efectos diferentes e incluso opuestos en diferentes tejidos en algunos casos. La capacidad de la misma prostaglandina para estimular una reacción en un tejido e inhibir la misma reacción en otro tejido se determina por el tipo de receptor al que se une la prostaglandina. Actúan como factores autocrinos o parácrinos con sus células diana presentes en la vecindad inmediata del sitio de su secreción. Las prostaglandinas difieren de las hormonas endocrinas en que no se producen en un sitio específico sino en muchos lugares a través del cuerpo humano.
Las prostaglandinas son potentes vasodilatadores de acción local e inhiben la agregación de plaquetas sanguíneas. A través de su papel en la vasodilatación, las prostaglandinas también están involucradas en la inflamación. Se sintetizan en las paredes de los vasos sanguíneos y sirven a la función fisiológica de prevenir la formación de coágulos innecesarios, así como la regulación de la contracción del tejido del músculo liso. Por el contrario, los tromboxanos (producidos por las células plaquetarias) son vasoconstrictores y facilitan la agregación plaquetaria. Su nombre proviene de su papel en la formación de coágulos (trombosis).
Las prostaglandinas específicas se denominan con una letra (que indica el tipo de estructura de anillo) seguido por un número (que indica el número de dobles enlaces en la estructura de hidrocarburo). Por ejemplo, la prostaglandina E1 se abrevia PGE1 o PGE1, y la prostaglandina I2 se abrevia PGI2 o PGI2. El número se subdivide tradicionalmente cuando el contexto lo permite; Pero, al igual que con muchas nomenclaturas similares que contienen subíndice, el subíndice se pierde simplemente en muchos campos de base de datos que pueden almacenar sólo texto sin formato (como los campos bibliográficos de PubMed), y los lectores están acostumbrados a verlo y escribirlo sin subíndice.
