El uso de la palabra «secreto» en el título «Archivos Secretos del Vaticano» no significa el significado moderno de la confidencialidad. Su significado es más cercano al de la palabra «privado», indicando que los archivos son propiedad personal del Papa, no perteneciendo a los de ningún departamento particular de la Curia Romana o de la Santa Sede. La palabra «secreto» se usaba generalmente en este sentido como también se refleja en frases como «sirvientes secretos», «copero secreto», «secreto escultor» o «secretario», muy parecido a una posición estimada de honor y respeto comparable a un VIP .
Sin embargo, algunas partes de los Archivos Secretos siguen siendo verdaderamente secretas: algunos materiales todavía están prohibidos para verlos en el exterior, incluyendo todo que data de 1939.
Se estima que los Archivos Secretos del Vaticano contienen 85 kilómetros (53 millas) de estanterías y sólo hay 35.000 volúmenes en el catálogo selectivo. «Los índices deben ser consultados en la Sala de índices y reemplazados en su ubicación original. La publicación de los índices, en parte o en su totalidad, está prohibida.» Los Archivos apoyan sus propios estudios fotográficos y de conservación.
Según el sitio web de los Archivos, el documento más antiguo que se conserva data de finales del siglo VIII. «Las transferencias y los trastornos políticos casi causaron la pérdida total de todo el material de archivo que precede a Inocencio III» (reinado 1198-1216). A partir de 1198, existen archivos completos, aunque la documentación es escasa antes del siglo XIII. Desde entonces, la documentación incluye artículos tales como el pedido de Enrique VIII de Inglaterra de anular el matrimonio, una transcripción manuscrita del juicio contra Galileo por herejía y cartas de Miguel Ángel quejándose de que no había sido pagado por trabajo en el Sistine Capilla.
La entrada a los Archivos, adyacente a la Biblioteca Vaticana, es a través de la Porta di S. Anna en Via di Porta Angélica (rione de Borgo). Nuevo espacio de almacenamiento subterráneo se añadió en 1980.
Estudiantes calificados de instituciones de educación superior que realicen investigaciones científicas, con un conocimiento adecuado de la investigación de archivos, pueden solicitar una tarjeta de entrada. Los académicos necesitan una carta introductoria por un instituto de investigación reconocido o por una persona debidamente calificada en el campo de la investigación histórica. Los solicitantes deben especificar sus datos personales (nombre, dirección, etc.) así como el propósito de su investigación. Los estudiantes de pregrado no son admitidos.
Hay limitaciones estrictas a lo que los usuarios de archivos pueden ver y acceder. Por ejemplo, ningún material con fecha posterior a 1939 está disponible para ser visto públicamente – y no se puede acceder a una sección completa de los archivos relacionados con los asuntos personales de los cardenales a partir de 1922. El Papa Francisco está considerando cuándo abrir el archivo completo del Papa Pío.
