Existen diversos tipos de estomatitis, estos se clasifican por su forma de aparición y por la causa de dicha inflamación: en primer lugar se puede mencionar a la estomatitis aftosa, se conocen con el nombre de aftas o ulceras aftosas son lesiones que se caracterizan por poseer una etiología (causa) desconocida, sin embargo su aparición se está relacionando con factores genéticos, problemas inmunológicos, malos hábitos alimenticios, entre otros. Normalmente las lesiones son de tamaño reducido, con una coloración que va de blanca a amarilla y el paciente presenta ardor en el sitio de la herida, no posee un tratamiento terapéutico definido las lesiones aisladas se cierran de manera espontánea, y en la mayoría de las ocasiones el tratamiento aplicada es sintomático, como analgésicos para el dolor y así sucesivamente.
Otro tipo de lesión inflamatoria bucal es la estomatitis herpética, los síntomas presentados son dolor, inflamación e irritación en el área bucal, esta patología es causada por el virus del herpes simple y se observa mayormente en lactantes, esta patología se caracteriza por producir numerosas ampollas que abarcan todo el área bucal, cara interna de los labios, superficie superior e inferior de la lengua, encías, cara interna de las mejillas y hasta el paladar superior (techo de la boca); los síntomas comunes es anorexia por el dolor al consumir un alimento, irritación, dolor al hacer algún movimiento bucal y fiebre, el tratamiento es solamente sintomático, es decir, antiinflamatorios, analgésicos y antipiréticos, no se consume antivirales debido a que es una infección de corta duración aproximada de diez días.