Es importante señalar que no existe una única causa que explique la intolerancia religiosa, sin embargo es posible hablar de un argumento muy generalizado entre quienes practican una religión y son intolerantes con otras. Dicho argumento es muy simple: por lo general cada quien considera que su religión es la verdadera, por esa razón es algo normal que contradiga a quienes defienden doctrinas falsas, desde su punto de vista.
Éste es un fenómeno tan antiguo como el origen propio de la religión. En la antigüedad cuando los primeros cristianos llevaban a cabo sus ritos, tenían que esconderse en las catacumbas ya que las autoridades romanas de la época no toleraban dichas creencias. Desde la antigüedad el pueblo judío ha sido víctima de persecuciones en muchos momentos de su historia y la motivación principal de dicha persecución era precisamente la hostilidad hacia las costumbres y creencias que ellos mantienen.
Por otro lado, la visión religiosa de los pueblos precolombinos fue combatida por los cristianos cuando llegaron al continente americano. Incluso dentro del propio cristianismo se han dado casos de intolerancia hacia otras doctrinas cristianas, las cuales han sido catalogadas como herejías o desviaciones de la auténtica fe. Todos esos casos mencionados son una muestra de que el rechazo y la intolerancia a las creencias de los demás ha sido una constante que se ha presentado desde tiempos inmemoriales y se mantiene hasta la actualidad.
